Alla fine del film Project Silence, il protagonista Cha riesce a salvare sua figlia Kyung-min dal disastro del ponte, ma decide di esporre pubblicamente il suo amico Chung, il Segretario di Sicurezza che aveva approvato il progetto segreto sugli spietati cani geneticamente modificati. I cani, liberatisi dal controllo umano, attaccano indiscriminatamente le persone sul ponte. La madre di tutti i cani, E-9, riesce infine a scappare insieme al suo unico cucciolo sopravvissuto, lasciando incerto il destino futuro. Cha, intanto, si riconcilia con sua figlia e decide di non mandarla all’estero, scegliendo di affrontare insieme un nuovo inizio in Corea.
Il film inizia con Cha, Vice Direttore della Sicurezza alla Casa Blu, coinvolto in un ingorgo sul ponte mentre accompagna la figlia all’aeroporto. Nello stesso momento, un convoglio militare trasporta cani addestrati per operazioni antiterrorismo, frutto di un progetto segreto chiamato Project Silence. Questi cani sono stati geneticamente modificati per diventare spietati assassini, ma il progetto viene cancellato a causa delle preoccupazioni sulla sicurezza. Tuttavia, prima che i cani vengano eliminati, il convoglio rimane bloccato sul ponte e i cani si liberano, iniziando a massacrare chiunque incontrino.
La trama rivela che il progetto segreto era stato avviato su richiesta di paesi occidentali per evitare la perdita di vite umane in operazioni militari. Il capo del progetto, il Dottor Yang, aveva installato dispositivi di controllo nei cani, ma E-9, la capobranco, riesce a liberarsi dal dispositivo e sfugge al controllo umano. Questa ribellione è alimentata dalla sete di vendetta di E-9, poiché gli scienziati avevano brutalmente ucciso i suoi cuccioli per rendere i cani più aggressivi. Quando il ponte crolla a causa di un incidente provocato dalla stessa E-9, Cha capisce che il progetto è stato un errore fatale e decide di rivelare tutto ai media.
Nonostante Chung avesse negato il suo coinvolgimento, Cha scopre che era stato proprio lui a dare il via libera al progetto quando faceva parte della Commissione Difesa, assicurandosi così una posizione di potere. Durante la crisi, Chung si rifiuta di inviare aiuti per fermare i cani, temendo di compromettere la sua campagna presidenziale. Questo tradimento spinge Cha a denunciare pubblicamente il suo ex amico, ritenendolo responsabile del massacro sul ponte.
Nel finale, E-9 si getta dal ponte con il suo cucciolo per salvarlo e raggiunge la riva in sicurezza. La conclusione del film lascia intendere che, nonostante la sopravvivenza del cucciolo, il controllo sugli animali potrebbe non essere del tutto terminato, ma il Dottor Yang potrebbe distruggere i dispositivi rimasti, mettendo fine alla minaccia. Cha, invece, trova una nuova serenità con sua figlia e decide di non venderle più la casa per finanziare gli studi all’estero, optando per un futuro più semplice ma felice in patria.
