In molti si sono chiesti se Brian Molko fosse eterosessuale o gay, la risposta al tempo la diede lo stesso frontman dei Placebo, il quale specificò di essere bisessuale e dunque di provare attrazione sia per gli uomini che per le donne.
Lo stesso Molko precisò: “Sono un bisessuale praticante. L’ho dichiarato un sacco di tempo fa, ma pare che la gente se lo dimentichi. Qualcuno pensa che sto cercando di propormi come un nuovo Brett Anderson dei Suede. Il che non è vero. Ho iniziato ad andare a letto con gli uomini quando avevo sedici anni, quindi ho un bel po’ di esperienza alle spalle”. L’artista ha avuto una relazione con Helena Berg dal 2002 al 2008, con la quale ebbe anche un figlio, Cody Jett Molko nato nel 2005. Non sono invece note per Molko relazioni omosessuali anche perché il cantante è stato sempre molto riservato e non ha mai dichiarato tante cose sulla sua vita personale.
Anni dopo il suo coming out, Brian Molko spiegò che avrebbe preferito non parlare delle sue preferenze sessuali, anche perché questo aspetto mise in ombra la sua musica. “Il mio coming out mi sembrò importante per me, soprattutto per prendere posizione. Purtroppo, agli occhi dei media, diventammo una band di effeminati e la gente parlava solo di questo aspetto e non della musica. Adesso capisco perché persone come Michael Stile e Morrissey difficilmente parlano della loro sessualità”